Ideja o osnivanju Energetskog instituta Hrvoje Požar pokrenuta je krajem 1993. godine iz potrebe da se osnuje neprofitni institut kao potpora procesima reforme, državnim institucijama i tvrtkama u energetskom sektoru. Institut je osnovan 1994. godine odlukom Nadzornog odbora Hrvatske elektroprivrede (HEP) kao društvo s ograničenom odgovornošću.

Uz dr. sc. Gorana Granića, koji postaje i prvi direktor Instituta, jedan od osnivača i stručnjak velikog znanja i iskustva bio je dr.sc. Ivo Hrs, čija je prerana smrt prekinula njegov plodan znanstvenoistraživački rad i doprinos području elektroprivrede i energetike.

Početni stručni tim sastojao se od istraživača Instituta za elektroprivredu i energetiku iz znanstvenog područja planiranja energetskog i elektroenergetskog sustava i mreža, s tradicijom znanstveno istraživačkog rada od 1953. godine, koju su nazivali zagrebačka (hrvatska) energetska škola, a koju su stvarali akademik Hrvoje Požar i, kasnije, akademik Božo Udovičić.

Godinu dana kasnije, 1995. godine, osnivači postaju i Vlada Republike Hrvatske (Ministarstvo znanosti i tehnologije i Ministarstvo gospodarstva) te Industrije nafte (INA), s jednakim pravom upravljanja. Tijekom 2002. godine osnivačka prava HEP-a i INA-e prenose se na Vladu Republike Hrvatske, koja zatim određuje da misija Instituta uključuje i stručnu i znanstvenu potporu Vijeću za regulaciju energetskih djelatnosti. Godine 2004. Institut je preoblikovan u neprofitnu znanstvenu ustanovu u vlasništvu Republike Hrvatske.

Prvo sjedište Instituta bilo je u Ulici grada Vukovara 37, u poslovnoj zgradi HEP-a, a od 2000. godine sjedište Instituta je u Savskoj cesti 163, u zgradi koja je posebno preuređena i opremljena da omogući ispunjenje ukupne misije Instituta.